Uznesením vlády SR č. 583 / 1995 bol zriadený Generálny sekretariát Výboru ministrov pre drogové závislosti a kontrolu drog ako výkonný  orgán výboru zodpovedný za realizáciu záverov Výboru ministrov a koordináciu protidrogových aktivít na úrovni ministerstiev a ostatných ústredných orgánov štátnej správy. Generálny sekretariát bol zriadený pri Úrade vlády SR, na úrovni odboru, v priamej riadiacej pôsobnosti vedúceho Úradu vlády SR. Generálny sekretariát  je špecializovaným odborom zabezpečujúcim realizáciu protidrogovej politiky vlády SR. Gestorom odboru vo vzťahu k vláde SR je ten podpredseda vlády SR, ktorý je zároveň  predsedom Výboru ministrov pre drogové závislosti a kontrolu drog. Generálny sekretariát riadi riaditeľ. 

Generálny sekretariát plní úlohy spojené s organizačným a administratívno-technickým zabezpečovaním činnosti Výboru ministrov; jeho zamestnanci zastupujú  Slovenskú republiku v medzinárodných orgánoch, organizáciách a inštitúciách zaoberajúcich sa problematikou drog, zabezpečujú medzinárodný styk, podnecujú a sprostredkúvajú prenos informácií a údajov medzi rezortmi navzájom a na príslušné medzinárodné orgány, organizácie a inštitúcie. Súčasťou Generálneho sekretariátu je Národné monitorovacie centrum pre drogy, zriadené na základe uznesenia vlády č. 534/2002 z 22. mája 2002, zamerané na sledovanie a vyhodnocovanie drogovej situácie na Slovensku s prepojením na Európske monitorovacie centrum pre drogy a drogovú závislosť. Generálny sekretariát administratívne-technicky zabezpečuje činnosť Výboru ministrov pre drogové závislosti a kontrolu drog. 

Ako poradný orgán Generálneho sekretariátu bola v roku 2004 zriadená "Horizontálna skupina pre kontrolu drog v SR", ktorá:

1. plní úlohu medzirezortného  odborného,  koordinačného a konzultačného orgánu pre potreby  činnosti Rezortnej koordinačnej skupiny ÚV SR pre európske záležitosti v oblasti drogových závislostí a kontroly drog,
2. zabezpečuje prenos informácií a údajov medzi rezortmi, krajskými úradmi a odbornými inštitúciami  ako aj príslušnými medzinárodnými orgánmi, organizáciami a inštitúciami podľa medzinárodných dohovorov,
3. podieľa sa na zosúlaďovaní  protidrogových aktivít v SR  s Európskou stratégiou pre kontrolu drog a jej Akčnými plánmi,
4. vypracúva odporúčania a návrhy k rokovaniu Výboru ministrov, k zásadným multidisciplinárnym otázkam v oblasti drog a drogových závislostí, ktoré sa dotýkajú koncepčných a strategických východísk a pozícií a to predovšetkým k Národnému programu boja proti drogám a akčným plánom rezortov a krajov,
5. predkladá odporúčania k spôsobom  financovania programov a činností  kontroly  ako aj následnému prerozdeľovaniu  finančných zdrojov poskytnutých zo štátnych zdrojov a medzinárodných fondov EÚ.

Generálny sekretariát je gestorom a koordinátorom činnosti Akčnej medzirezortnej protidrogovej skupiny zriadenej pri  Úrade vlády SR uznesením NR SR č. 335 z 26. júna 2003 z iniciatívy NR SR za účelom  riešenia akútnych prípadov vyskytnúcich sa na drogovej scéne.